El futuro de Magisk estaba en entredicho desde que su creador, John Wu, fichara por Google precisamente para unirse al equipo de seguridad, con un más que posible conflicto de interés con la funcionalidad de Magisk. Su creador ha afirmado ahora que Magisk sigue adelante, pero con cambios.
Magisk no morirá, aunque presentará algunos cambios. El mayor cambio es que John Wu dejará de desarrollar MagiskHide, el módulo por el cual que el sistema ha sido modificado al sistema o ciertas aplicaciones. Además, se eliminará el repositorio de módulos de la aplicación.