Linux trata diferente el fin de linea que otros sistemas operativos. A veces, cuando editas archivos en Windows y Unix o con Linux usando una captura de lo que escribiste en la pantalla con el comando "screen -L comando" un caracter Control-M está visible al final de cada línea como ^M en vi

Utilizando una macro lo puedes hacer:

Esc-q-i-/-^V-^M-enter-x-q (los guiones son para separar lo que se debe teclear)

y solo se verá asi: /^M

Lo que se hizo fué grabar todo lo que se tecleó en una macro llamada "i"

Ejecutamos nuevamente esta macro asi:

Esc-@-i

Y el resultado es que se borra la siguiente ^M encontrada en el archivo

Si queremos borrar las 10 siguientes es asi:

Esc-10-@-@

La otra forma es simple:

:%s/^V^M//g

Lo que significa "Buscame ^M y reemplázalo con nada globalmente, y esto quita todos los ^M del archivo